年份 專案名稱 執行單位 計畫主持人 連結 108 地面水體水質模式模擬運用及教育推廣計畫 國立臺北科技大學 林鎮洋 108 次世代定序方法應用於污染鑑識技術開發 國立臺灣大學 童心欣 108 利用整合性底泥品質TRIAD評估臺灣不同地區污染底泥現況(1/2)專案工作計畫 國立屏東科技大學 謝季吟 108 108年化學物質環境流布背景調查及釋放量管理策略研析專案工作計畫 國立成功大學 李俊璋 108 108年度前瞻水環境改善綜合管理計畫(南區) 磐誠工程顧問股份有限公司 孫宏華 106 水環境整治互動式及資訊公開平臺強化維運計畫 方達科技股份有限公司 鄭婉儀 106 環境奈米評析與綠色化學檢測技術研究(3/3)-環境水體奈米物質之細胞毒性研究 國立成功大學 王應然 106 106年南區河川污染整治策略及行動整合執行計畫 朱宏毅 105 105-106年度毒性化學物質環境流布背景調查計畫（第1年） 國立成功大學 李俊璋 105 環境奈米評析與綠色化學檢測技術研究(2/3) -環境水體的奈米物質調查與評析 知本生技有限公司 張淑芬 105 105年度河川污染整治策略評估及總量管制整合執行計畫(南區) 磐誠工程顧問有限公司 劉惠民 104 微萃取技術開發（3/4）－水中內分泌干擾物、抗生素及化妝品化合物檢測 方法建立 嘉南藥理大學 林維炤 104 104至107年環境水質南區監測計畫 中環科技事業股份有限公司 蔡俊銘 104 環境保護署水質保護處網頁優化及維護管理計畫 方達科技股份有限公司 鄭婉儀 104 104年度高雄市流域污染總量管理及點源污染削減計畫 技佳工程顧問有限公司 廖君庸 104 重點河川污染整治策略評析及執行計畫 美商傑明工程顧問（股）台灣 胡惠宇 103 103年南區水污染事件緊急應變民間機構協力處理計畫 技佳工程顧問有限公司 翁巧苓 103 重點河川污染整治策略評估與行動整合計畫 台灣曼寧工程顧問股份有限公 陳佳欣 103 底泥生物慢毒性檢測技術之建立與應用(2/2) 國立屏東科技大學 謝季吟 103 微萃取技術開發(2/4)-水中農藥類檢測方法建立 嘉南藥理大學 林維炤 103 103年度高雄市流域污染總量管理及點源污染削減計畫 技佳工程顧問有限公司 廖君庸 103 水環境家園守望襄助保育計畫 環資國際有限公司 倪雅惠 102 102年度毒性化學物質環境流布背景調查計畫 財團法人成大研究發展基金會 李俊璋 102 102年水環境守望相助巡守隊工作計畫 環資國際有限公司 呂冠蓉 102 河川污染整治推動行動整合計畫 台灣曼寧工程顧問股份有限公司 張淑惠 102 102至104年環境水質南區監測計畫 中環科技事業股份有限公司 蔡俊銘 101 明志科技大學 范致豪 101 生活污水污染削減及管理計畫 台灣曼寧工程顧問股份有限公 張淑惠 101 重點河川綜合管理及整治技術應用計畫 美商傑明工程顧問（股）公司 胡惠宇 101 101 年臺南地區河川污染整治推動及河川保育調查計畫 艾奕康工程顧問股份有限公司 劉惠民 101 100至101年環境水質南區監測計畫(101年度) 中環科技事業股份有限公司 蔡俊銘 101 101年臺南市二仁溪自然淨化系統效益評估計畫 嘉南藥理科技大學 林瑩峯 100 全國重點河川流域管理評鑑及整合計畫(第二年) 台大嚴慶齡工業研究中心 蔣本基 100 100至101年環境水質南區監測計畫(100年度) 中環科技事業股份有限公司 蔡俊銘 100 南部地區河川污染整治與水質改善策略規劃及執行計畫 京華工程顧問股份有限公司 勇興台 100 二仁溪污染整治回顧紀錄片製作 國立中央大學 呂理德 100 二仁溪污染整治回顧紀錄片製作專案工作計畫 國立中央大學 呂理德 100 「淡水河及二仁溪流域汙染整治生態效益調查計畫」 國立新竹教育大學應用科學系 楊樹森 100 100年度臺南市海域環境監測及海污緊急應變工作計畫 中華醫事科技大學 孫逸民
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二仁溪流入田寮鄉之後，由於溪床皆為泥質溪床，造成二仁溪的水質自田寮鄉之後就長年混濁，加上工廠及廢五金業者所製造的大量工業廢水，及鄰近鄉鎮的家庭廢水多重污染下，二仁溪的水色終年呈現黑褐色，屬於嚴重污染的河川。流域內之各項生物調查資料如下：
1.魚類
整體而言，二仁溪的下游屬於嚴重污染區，幾乎都沒有魚貝類生存，二仁溪的中游屬於中度污染區，只有極少數的魚類可以生存；而上游的水質比較清澈，有許多種魚類在此生存。因此，魚種數量分布呈現由上游往下游減少之趨勢。上游有塘虱魚；而大鱗梭、彈塗魚、黑星銀拱則出現於下游感潮河段；吳郭魚與大肚魚在南雄橋下游皆可發現。
2.兩棲爬蟲類
兩棲類中之澤蛙出現於中路橋；黑眶蟾蜍在崇德橋與南雄橋均有；小雨蛙則於崇德橋附近出現。
3.無脊椎動物
主要種類為紅蟲，琵蟌科與長甲泥甲科，特別是在中路橋與古亭橋之數量有突增之現象，主要以蚊科與紅蟲為主。
4.貝類
南萣橋段曾發現褔壽螺、囊螺、招潮蟹、台灣厚蟹、兇狠軸圓軸蟹、彈塗魚、長尾繩等生物；二層行橋計有褔壽螺、瘤蜷、流蚊蜷、囊螺，以及有孔蟲之化石；南雄橋段為囊螺、盤蜷；崇德橋主要有台灣椎實螺、福壽螺、囊螺、小椎實螺及網蚊錐蜷、盤蜷；古亭橋段則發現囊螺的空螺殼、濱螺空殼。
5.鳥類
二仁流域保育鳥類共有大冠鷲、鵰頭鷹、小燕鷗、紅尾伯勞、畫眉、喜鵲等六種，屬於二、三級保育類鳥類。大冠鷲、鵰頭鷹、畫眉出現在上游山區；小燕鷗、喜鵲出現在下游河口，都是台灣的留鳥，紅尾伯勞為流域中常見的過境鳥。
6.蜻蜓
種類組成中，以薄翅蜻蜓的數量最多，是最普遍的一種；褐斑蜻蜓數量不多，幾手全河段都可在河道邊的草桿上出現；粗腰蜻蜓出現在河口區南萣橋附近；粗鉤春蜓、緣胸晏蜓、紫紅蜻蜓、鼎脈蜻蜓在上游的古亭橋一帶。
7.蝴蝶
由於二仁溪缺乏蝴蝶的蜜源植物及幼蟲寄生的植物較少，因此蝴蝶的數量及種類不多。崇德大橋一帶因河岸的植被較豐富，可見的蝴蝶種類較多。二層行橋有黃蛺蝶、樺蛺蝶及幼蟲。
8.植物
二仁溪沿岸的總共有45科136種植物，以禾本科為多。種類以崇德大橋為多，次為二層行橋及南雄橋地段。
參考資料
※經濟部水利署台灣河川復育網 http://trrn.wra.gov.tw/
※行政院環境保護署全國環境水質監測資訊網 https://wq.epa.gov.tw/
二仁溪流域位於台灣南部，屬亞熱帶季風氣候，冬季乾冷，夏秋季氣候較為溫潤，年平均氣溫為23.6℃，1月份月平均最低氣溫12.8℃，7月份月平均最高氣溫32.6℃。年平均相對濕度為80%，以5月至9月份最高在80至84%，其餘約為79%。年平均風速為3.4公尺/秒，風向主要以北風及北北東風為主。流域降雨型態受6、7月直流降雨與颱風氣旋降雨影響，是主要降雨因素，平均年降雨量為1,849.4毫米，降雨集中在5月至9月，降雨量佔全年總降雨之87%。二仁溪水位流量站設有崇德橋、南雄(阿蓮)二處，以崇德橋站之資料歷年統計，5月至9月河川逕流量為232.23百萬立方公尺，佔全年總逕流量之89%。
行政院環保署於二仁溪本流設有二層橋、古亭橋、崇德橋、南雄橋、石安橋、二層行橋、南萣橋測站等7個水質監測站；在支流三爺溪設有網寮橋、五空橋、永寧橋等3個水質監測站。依據108年全年監測數質，二層橋測站在未受污染到嚴重污染之間；古亭橋測站、崇德橋測站、南雄橋測站在中度到嚴重污染之間；石安橋測站呈現中度污染；二層行橋測站、南萣橋測站在輕度到中度污染之間，三爺溪網寮橋呈現嚴重污染；五空橋、永寧橋測站在中度到嚴重污染之間。
參考資料
※經濟部水利署台灣河川復育網 http://trrn.wra.gov.tw/
※行政院環境保護署全國環境水質監測資訊網 https://wq.epa.gov.tw/
二仁溪昔稱二贊行溪，早期在南台灣扮演重要的文化、灌溉及運輸功能。1970至2000年初期，因廢五金業及熔煉業將未處理的廢水排放入二仁溪，導致河口綠牡蠣污染事件，也因流域工商業發達、人口密度高，在廢污水沒有妥善處理狀況下，二仁溪曾為台灣最污染的河川。
二仁溪(原名二層行溪)位於台南市及高雄市境內。本流域北鄰曾文溪、鹽水溪流域，東界高屏溪流域，南接阿公店溪流域，西瀕台灣海峽。主流發源於高雄市內門區，河道由上游呈L型流至河口，流域形狀屬長蛋型，流路自北往西南經內門盆地，穿行於丘陵山谷間至崗山頭地區，再蜿蜒西行並在高雄市茄萣區白沙崙北方流入台灣海峽。流域面積約350平方公里，主流長度約61公里，河床平均坡降約1/160。流域內重要支流有松仔腳溪、牛稠埔溪、深坑仔溪、港尾溝溪、三爺溪、涵口圳等。二仁溪流域涵蓋台南市關廟區、永康區、仁德區、歸仁區、龍崎區、高雄市內門區、田寮區、湖內區、茄萣區、旗山區、路竹區及阿蓮區等十二個區。
參考資料
※經濟部水利署台灣河川復育網 http://trrn.wra.gov.tw/
※行政院環境保護署全國環境水質監測資訊網 https://wq.epa.gov.tw/